Омский аграрный научный центр образовался в 2018 г. в результате объединения трех научно-исследовательских учреждений региона: СибНИИСХ, ВНИИ бруцеллеза и туберкулеза животных (ныне – отдел ветеринарии и животноводства Омского АНЦ) и Сибирского НИИ птицеводства, который является филиалом центра.

В декабре 2021 года филиалами научного учреждения также стали научно-производственные хозяйства (НПХ) «Омское» (Омский район) и «Боевое» (Исилькульский район). В составе центра НПХ занимаются производством оригинальных, элитных семян и семян высших репродукций, разведением крупного рогатого скота, молочным животноводством и племенной работой.

В ноябре 2023 года в структуру АНЦ вошел Омский экспериментальный завод в статусе филиала, являющийся современным, стабильно функционирующим и развивающимся предприятием сельхозмашиностроения.

В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 15 мая 2018 года №215 «О структуре федеральных органов исполнительной власти» и распоряжением Правительства РФ от 27 июня 2018 года №1293-р Омский АНЦ находится в ведении Министерства науки и высшего образования Российской Федерации.